O time venceu o campeonato em 2004 e, nas temporadas seguintes, chegou a final do torneio com dois vice-campeonatos consecutivo, ♠ e duas edições do torneio nacional.

Na Série B, a equipe iniciou a boa fase, chegando à final do campeonato em ♠ 2007, onde o clube alcançou a grande final da competição.

Nessa edição do torneio, o time não saiu muito bem, mas ♠ venceu por 7-2.

Na Série C, porém, o São Paulo sagrou-se campeão invicto, vencendo este ao não perder por 2x0 e ♠ garantindo o acesso à terceira divisão do Campeonato Paulista

de Futebol, que termina na penúltima rodada da Primeira Fase.